Sposób przyjmowania i załatwiania spraw regulują w szczególności przepisy następujących aktów prawnych:

• Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (tekst jednolity: Dz. U. z 2018 r., poz. 800 ze zmianami),
• Ustawa z 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (tekst jednolity: Dz. U. z 2018 r., poz. 650 ze zmianami),
• Zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 28 lutego 2017 r. w sprawie wprowadzenia jednolitego rzeczowego wykazu akt w izbach administracji skarbowej, urzędach skarbowych i urzędach celno-skarbowych (Dz. Urz. MRiF z 2017 r., poz. 44),
• Zarządzenie Nr 3 Ministra Finansów z dnia 20 stycznia 2015 r. w sprawie prowadzenia rejestrów oraz przekazywania informacji w sprawach sadów administracyjnych (Dz.Urz. Min. Fin. z dnia 22 stycznia 2015 r. poz.7)
• Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 8 stycznia 2002 r. w sprawie organizacji przyjmowania i rozpatrywania skarg i wniosków (Dz. U. Nr 5, poz. 46),
• Regulamin organizacyjny Izby Administracji Skarbowej.

Sprawy w urzędzie załatwiane są zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa przy poszanowaniu zasad wynikających z Kodeksu postępowania administracyjnego i Ordynacji podatkowej.
Zgodnie z Ordynacją podatkową (Op) załatwienie sprawy wymagającej przeprowadzenia postępowania powinno nastąpić bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu miesiąca, a sprawy szczególnie skomplikowanej - nie później niż w ciągu dwóch miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, chyba że przepisy szczególne stanowią inaczej (art. 139 § 1 Op).
Niezwłocznie powinny być załatwiane sprawy, które mogą być rozpatrzone na podstawie dowodów przedstawionych przez stronę, lub na podstawie faktów powszechnie znanych i dowodów znanych z urzędu organowi prowadzącemu postępowanie. (art. 139 § 2).
W przypadku niezałatwienia sprawy we właściwym terminie urząd ma obowiązek zawiadomienia strony o przyczynach niedotrzymania terminu, wskazując nowy termin załatwienia sprawy (art. 140 § 1 Op). Do terminu, w którym ma być wydana decyzja nie wlicza się terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego do dokonania określonych czynności, okresów zawieszenia postępowania oraz okresów opóźnienia spowodowanych z winy strony albo z przyczyn niezależnych od organu (art. 139 § 4 Op).
Na niezałatwienie sprawy we właściwym terminie służy stronie ponaglenie do organu wyższego stopnia , tj. do Ministerstwa Finansów (art. 141 §1 Op). Postępowanie wszczynane jest na wniosek strony lub z urzędu. Przy postępowaniu odwoławczym, odwołanie wnosi się do Ministerstwa Finansów za pośrednictwem organu pierwszej instancji, który tę decyzję wydał.
Sprawy załatwiane są w formie pisemnej. Uprawnienia do podpisywania pism określa Regulamin organizacyjny Organu.