1. Zgodnie z załącznikiem nr 3 do Rozporządzenia Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 24 lutego 2017 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib dyrektorów izb administracji skarbowej, naczelników urzędów skarbowych i naczelników urzędów celno-skarbowych oraz siedziby dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (Dz. U. 2017 poz. 393), terytorialny zasięg działania Naczelnika Zachodniopomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Szczecinie obejmuje: województwo zachodniopomorskie oraz morskie wody wewnętrzne, morze terytorialne, morskie porty i przystanie od południka 16°42'00" długości geograficznej wschodniej do zachodniej granicy państwa.

2. Na mocy art. 61 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (tekst jednolity w Dz. U. z 2019 r. poz. 768 ze zm.) Naczelnik Zachodniopomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Szczecinie może wykonywać kontrolę celno-skarbową na całym terytorium Rzeczypospolitej Polskiej.